De acordo com dados do Instituto Brasileiro de Saúde e Assistência Farmacêutica (Ibsfarma), também conhecido como Cuida Brasil, o orçamento do programa Farmácia Popular está defasado em cerca de R$ 1,8 bilhão. A atual proposta orçamentária para 2023, apresentada pelo governo de Jair Bolsonaro (PL), é de R$ 1,018 bilhão, o menor valor destinado ao programa desde 2013.
O cuida Brasil afirma que o valor de R$ 1,8 bilhão deve ser recomposto ao orçamento do Farmácia Popular, a fim de recuperar o nível de gastos. Em 2021, foram registrados nove milhões a menos de atendimentos do que em 2015, quando o programa recebeu o valor histórico de R$ 3,3 bilhões — a instituição diz que a queda está totalmente ligada à redução dos recursos.