Inspirada por alguns dos arcos de quadrinhos que fizeram sucesso nos anos 1990, X-Men ’97 deixou muitos fãs surpresos pelo que acontece no final de seu segundo capítulo. Nele, vemos o surgimento de uma nova versão de Jean Grey conhecida como Madelyne Pryor, que ganha destaque no terceiro episódio, Fogo Encarnado.
Uma figura polêmica nas HQs, ela aparece na série animada com uma origem diferente, mas um propósito parecido. Assumindo a identidade da Rainha dos Duendes, ela revela ser a verdadeira mãe de Nathan Summers (filho de Ciclope) e que tem suas origens ligadas ao ameaçador Sr. Sinistro.